Entre as aplicações clínicas do Termalismo, pode-se citar o restabelecimento do equilíbrio ácido-básico e mineral; melhora das funções cardiovasculares, secreção gastropancreática, peristaltismo intestinal; da função hepática e da função renal como diurético. Na reumatologia, as águas são usadas para ingestão, hidroterapia, reeducação postural e relaxamento muscular.

Existem variedades tanto de águas mineromedicinais quanto de técnicas para sua aplicação. As águas podem ser classificadas em cloruradas, sulfuradas, radioativas, bicarbonatadas, sulfatadas, ferruginosas etc. Tanto as águas quanto os barros associados utilizados como matéria-prima são aplicados com diferentes técnicas. Por exemplo: banhos, aplicações a pressão, por vias respiratórias, saunas, estufas e banhos de vapor, além de aplicações via oral, peloides e parafangos – cada uma com a indicação médica específica.

Atualmente, a Hidrologia Médica é aceita e reconhecida internacionalmente como modalidade terapêutica natural, efetiva e não invasiva, que age principalmente nos âmbitos da geriatria, já que as curas termais exercem efeito preventivo e terapêutico, sobretudo em patologias crônicas relacionadas à reumatologia, traumatologia, neurologia, psiquiatria, dermatologia, vascular, digestiva, urinária, otorrinolaringologia, ginecologia, psicofuncional etc.

A atuação do médico hidrólogo é considerada peculiar porque além da prática clínica e do conhecimento acerca da água – seus derivados, fatores climáticos e ambientais -, possui atribuições específicas dentro do estabelecimento onde atua. Ele é responsável pela gestão e supervisão da qualidade, pela análise qualitativa das águas frente aos tratamentos e pelo design e implementação dos centros, consideradas as especificidades estruturais necessárias.

No Brasil, usualmente, o acesso aos estabelecimentos termais não impõe uma passagem prévia por um médico, nem esse tipo de terapia está integrado em um sistema de saúde. Também não é necessária a especialidade em hidrologia médica para exercer clínica em um balneário termal, sendo que hoje inexiste tal disciplina no currículo escolar das universidades de medicina.

Em 2006, o Ministério da Saúde publicou a Política Nacional para a Prática de Especialidades Integrativas e Complementares (PNPICs) no Sistema Único de Saúde (SUS), incluindo o termalismo social. Entretanto, a prática do Termalismo Social apresenta-se aquém do desejado quando comparada a outros países que oferecem subsídios para seus programas de Termalismo Social (Áustria, Alemanha, Itália, Portugal, Espanha, França, Grécia, Hungria, Eslováquia e República Checa).

A World Federation of Hydrotherapy and Climatotherapy (FEMTEC), fundada em 1937, engloba instituições públicas e privadas de todo o mundo e oferece acreditação em conjunto com a World Health Organization (WHO). No Brasil, a Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC) é a única instituição vinculada à FEMTEC, desenvolvendo pesquisas na área de termalismo e crenoterapia.